Năm 1994 Fujimori thông báo ý định tái tranh cử của mình năm 1995. Ông cũng ly thân với vợ và tháng 8 năm 1994 ông đã chính thức phế truất tước đệ nhất phu nhân của vợ. Bà đã lập chính đảng riêng với tên gọi Phong trào chính trị thế kỷ XXI Hoà thuận để chạy đua với chính phủ của ông. Tuy nhiên đảng Hoà thuận bị phán quyết vô hiệu tháng 12 năm 1994 vì không đạt được số chữ ký cần thiết để đủ tiêu chuẩn là một chính đảng hợp pháp. Tháng 4 năm 1995, Fujimori lại giành chiến thắng vang dội và đảng của ông duy trì quyền kiểm soát quốc hội.

Trong một nỗ lực chống khủng bố, Fujimori đã ban cho quân đội quyền hành rộng rãi bắt bớ những kẻ bị tình nghi khủng bố và xét xử họ trong các toà án binh với ít quyền pháp lý. Hoạt động du kích giảm từ năm 1992 và Fujimori cho rằng chiến dịch của mình đã loại trừ phần lớn các thành viên khủng bố. Trong nhiệm kỳ hai của mình, Fujimori tuyên bố ân xá cho các thành viên của quân đội và cảnh sát Peru bị buộc tội hay kết án lạm dụng nhân quyền giữa 1980 và 1995. Hành động của ông bị các nhà hoạt động nhân quyền và nhiều nước lên án.

Dù hiến pháp mới của Peru hạn chế tổng thống trong hai nhiệm kỳ liên tục, năm 1996, quốc hội bỏ phiếu cho phép Fujimori tái tranh cử năm 2000. Quốc hội lúc này do đảng của Fujimori kiểm soát lý luận rằng nhiệm kỳ đầu của Fujimori không được tính theo hiến pháp mới vì điều đó đã xảy ra dưới thời bản hiến pháp cũ có hiệu lực.

Fujimori đã phải đối mặt với khủng hoảng tháng 12 năm 1996 khi những kẻ phiến loạn của phong trào Tupac Amarú đã bắt giữ con tin tại khu nhà ở Đại sứ Nhật tại Peru, bắt giữ hàng trăm nhà ngoại giao và quan chức chính phủ và những người quyền cao chức trọng làm con tin. Chính phủ của Fujimori đã thương lượng với lực lượng phiến quân nhưng bác bỏ yêu sách chính của họ: thả các thành viên của Tupac Amarú đang bị giam tù. Sau 4 tháng, nhóm bắt cóc đã thả dần và chỉ giữ lại 72 con tin (so với 500 người ban đầu). Tháng 4 năm 1997, Fujimori đã hạ lệnh cho quân chính phủ tràn vào tấn công. Một con tin, hai lính đặc công và 14 con tin bị chết. Sự việc đã làm tăng tiếng tăm của Fujimori cứng rắn và sử dụng vũ lực hơn là thoả hiệp để đạt mục đích của mình. Tỷ lệ ủng hộ ông giảm xuống còn 67%.

Nhiều vụ bê bối chính phủ đã làm hỏng hình ảnh công chúng của Fujimori. Tháng 5, liên minh của Fujimori ở quốc hội đã sa thải ba thẩm pháp toà án hiến pháp, những người đã phán quyết Fujimori không đủ tư cách theo quy định của hiến pháp để chạy đua tranh cử thêm một nhiệm kỳ tổng thống nữa. Quốc hội đã thay các thẩm phán và những thẩm phán này đã lật lại quyết định và công bố Fujimori đủ tư cách chạy đua thêm một nhiệm kỳ tổng thống nữa.

Chứng cứ cho thấy chính quyền cũng đã uỷ nhiệm cho việc nghe trộm điện thoại các nhân vật chính trị đối lập và trả lương 600.000 USD cho người đứng đầu không chính thức cơ quan tình báo của Fujimori. Hình ảnh của Fujimori cùng bị xấu thêm trước công chúng khi một đài truyền hình đã phát thông tin cho thấy cơ quan tình báo đã tra tấn hai điệp viên tình báo nữ vì đã tiết lộ thông tin về việc chính phủ có kế hoạch gây khó dễ cho các phóng viên và các nhân vật chính trị đối lập. Chính phủ phản ứng lại vụ bê bối bằng cách huỷ bỏ quyền công dân của người chủ đài truyền hình sinh ra tại Israel, buộc ông ta phải từ bỏ quyền kiểm soát đài này. Tỷ lệ ủng hộ Fujimori giảm xuống còn 20% do những vụ bê bối này cũng như động tác thay các thẩm phán Tòa án hiến pháp.

Sự nghiệp chính trị của Fujimori phục hồi sau đợt thời tiết khắc nghiệt do hiện tượng el Niño gây ra tại Peru cuối năm 1997 và đầu năm 1998. Mưa và lũ lụt nghiêm trọng giết chết hơn 200 người Peru và gây hại nhiều nơi. Fujimori đã lăn xả vào giải quyết các hư hại này và đã đi thăm các khu vực bị hư hại và có những biện pháp chỉ đạo cá nhân đưa ra các biện pháp khắc phục.